環境工程本科專業（中外合作辦學）是依托南京農業大學資源與環境科學學院與密西根州立大學生物系統與農業工程系開設的中外合作辦學專業。南京農業大學資源與環境科學學院環境工程專業源自于1983年開始招收的土壤農化專業農業環境保護方向，1993年開始招收農業環境保護方向本科生，同年由國務院學位辦批準為農業環境保護碩士學位授予單位。1994年，開始招收農業環境保護專業本科生。1998年教育部本科專業調整，農業環境保護專業調整為環境工程專業和環境工程碩士點，2006年經國務院學位委員會批準備案自主設置環境污染控制工程博士點（工學位），是我國農林院校中建立環境工程專業最早的單位之一。2009年全國第三批通過環境工程專業認證，成為當時首批通過環境工程專業認證的行業型高校。2010年環境工程專業被評為江蘇省品牌專業。

密西根州立大學生物系統與工程系已有100多年歷史，創辦了美國首個農業工程本科專業。生物系統工程專業致力于綜合運用工程學和生物學原理于與食品、環境、能源和健康相關的體系中以改善生命的質量。該專業已通過美國工程教育專業認證協會的認證。

（1）培養目標

本專業綜合中外雙方在環境工程和生物系統與工程方面優勢，培養具有可持續發展理念，同時具備水、氣、固體廢物等污染防治、生物資源保護、生物能源等方面的工程知識，并具有污染控制工程、生物資源和能源工程的設計及運營管理能力，具有對環境與生物工程領域新工藝、新技術和新設備進行研究和開發的能力，以及具有國際化視野、具有較好的國際學術交流能力的國際一流本科人才。

（2）師資情況

教學團隊由南京農業大學和密西根州立大學優秀師資組成（美方教師教授50%的課程）。該專業現有教師41人（美方教師24人），教授17人（美方教授7人），副教授15人（美方副教授10人）。其中博士生導師17人、碩士生導師30人。

（3）主要學科

環境工程學科是隸屬于環境科學與工程一級學科的二級學科。1983年起招收農業環境保護方向碩士研究生，1993年由國務院學位辦批準為農業環境保護碩士學位授予單位，1998年教育部學科專業調整，農業環境保護碩士點調整為環境工程碩士點，2006年設置環境污染控制工程博士點（工學位）。2013年度南京農業大學環境科學與工程一級學科被江蘇省學位委員會評估為優秀。目前本學科是教育部高等學校環境工程教學指導委員會委員單位。本學科主要針對國家對生態環境安全和農產品質量安全的重大需求，研究農業生態系統中有機、無機污染物的來源、形態、遷移轉化和生態毒理效應，探討微生物對污染物的降解或轉化及植物對污染物的吸收運輸過程與機理，發展污染土壤生物修復和阻控作物對污染物吸收積累的技術，為農業環境保護提供理論基礎與技術支撐。