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水產學部
醫療技術短期大學部(因為改組為四年制醫學部保健學科，2002年度以后停止招生）
研究生院
教育學研究科
教職實踐專業（專業學位課程，教職大學院）
教科實踐專業（修士課程）
經濟學研究科（博士前期課程·博士后期課程）
工學研究科（2011年（平成23年）度比生產科學研究科從改組）
綜合工學專業（博士前期課程）
生產系統工程專業（博士后期課程）
綠色系統創建科學專業（5年一貫博士課程）
水產環境科學綜合研究科（2011年（平成23年）度比生產科學研究科從改組）
水產學專業（博士前期課程）
環境保全設計專業（博士前期課程）
環境共生政策學專攻（博士前期課程）
海洋環境資源學專攻（博士后期課程）
海洋場生命科學專業（5年一貫博士課程）
醫齒藥學綜合研究科
本科錄取條件
要求申請者的高中平均成績達到70分以上，托福需要達到80分，雅思成績需要達到6分。
碩士錄取條件
正規大學本科畢業，擁有相關專業學士學位，托福成績最好80分以上，文科的成績達到留考總分600分，日語300以上，理科達到總分560分以上，醫學部的要求就更高了，日語最好達到一級。
（一）長崎大學本科生學費
1.檢定料17，000日元；
2.入學金282，000日元；
3.學費每年535，800日元。
（二）長崎大學大學院生學費
1.檢定料30，000日元；
2.入學金282，000日元；
3.學費每年535，800日元。
（三）長崎大學研究生學費
1.檢定料9，800日元；
2.入學金84，600日元；
3.學費每月29，700日元。
長崎大學生活費方面大概100000日元/月，折合人民幣約6300元。
交通費：
地鐵成人單程票價種類有：160日元（起步價1-6公里內）、190日元、230日元、270日元和300日元。
巴士：200日元；
的士：起步價（2公里內）650日元。
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