二十世紀末，在時任國務院總理的倡導和推動下，國務院于1998年7月批準成立國家會計學院，當時學院為國務院事業單位，由財政部代管，教學管理依托清華大學。2002年財政部發文將學院更名為“北京國家會計學院”。2012年學院納入財政部所屬事業單位機構編制。

經過多年的發展，學院形成了新型財經智庫、高端財經培訓、精品研究生教育的發展格局，并擁有一支精通理論前沿及豐富實務經驗的優秀師資隊伍。

學院實行黨委領導下的院長負責制，董事會由財政部、中央組織部、國家發展與改革委員會、國務院國有資產監督管理委員會、商務部、教育部、人社部、中國人民銀行、審計署、國家稅務總局、中國證監會、中國銀監會、北京市人民政府、上海市人民政府、福建省人民政府、廈門市人民政府、北京市財政局、上海市財政局、廈門市財政局、清華大學、上海財經大學、廈門大學等組成。董事會主席由財政部部長擔任。

學院位于北京順義天竺開發區，總占地面積343畝，建筑面積12萬平方米。其中，一期工程1998年4月開工建設，2001年5月投入使用；二期工程2011年3月開工建設，2016年4月投入使用。學院擁有一流現代化的基礎設施和信息網絡系統，能夠提供多媒體教學及遠程教學，可同時容納1500名培訓學員、400名全日制研究生在校學習。