北京大學創辦于1898年，是戊戌變法的產物，也是中華民族救亡圖存、興學圖強的結果，初名京師大學堂，是中國近現代第一所國立綜合性大學，辛亥革命后，于1912年改為現名。

中華人民共和國成立后，全國高校于1952年進行院系調整，北京大學成為一所以文理基礎教學和研究為主、兼有前沿應用學科的綜合性大學，為社會主義建設事業培養了大批杰出人才，在23位“兩彈一星”元勛中有12位北大校友。

改革開放以來，北京大學進入了穩步快速發展的新時期，于1994年成為國家“211工程”首批重點建設大學。1998年5月4日，在慶祝北京大學建校一百周年大會上，黨中央發出了“為了實現現代化，我國要有若干所具有世界先進水平的一流大學”的號召，之后啟動了建設世界一流大學的“985工程”。在這一國家戰略的支持和推動下，北京大學的發展翻開了新的一頁。

2000年4月3日，北京大學與原北京醫科大學合并，組建了新的北京大學。原北京醫科大學的前身是創建于1912年10月26日的國立北京醫學專門學校，1903年京師大學堂設立的醫學實業館為這所國立西醫學校的誕生奠定了基礎。20世紀三、四十年代，學校一度名為北平大學醫學院，并于1946年7月并入北京大學。1952年在全國高校院系調整中，北京大學醫學院脫離北京大學，獨立為北京醫學院。1985年更名為北京醫科大學，1996年成為國家首批“211工程”重點支持的醫科大學。兩校合并進一步拓寬了北京大學的學科結構，為促進醫學與理科、工科以及人文社會科學的交叉融合，改革創新醫學教育奠定了基礎。