中國高等航海教育發軔于上海，1909年晚清郵傳部上海高等實業學堂（南洋公學）船政科開創了我國高等航海教育的先河。1912年成立吳淞商船學校，1933年更名為吳淞商船專科學校。1959年交通部在滬組建上海海運學院。2004年經教育部批準更名為上海海事大學。為更好地服務上海國際航運中心建設和國家航運事業發展，根據上海市高校布局結構調整規劃，2008年上海海事大學主體搬遷臨港新城(現上海自貿區臨港新片區)。2019年學校成功舉行110年校慶系列活動。

上海海事大學是一所以航運、物流、海洋為特色，具有工學、管理學、經濟學、法學、文學、理學和藝術學等學科門類的多科性應用研究型大學。2008年，上海市人民政府與交通運輸部簽訂協議，共建上海海事大學。2018年，學校納入上海市高水平地方高校建設。

學校設有3個博士后科研流動站（交通運輸工程、電氣工程、管理科學與工程），4個一級學科博士點（交通運輸工程、管理科學與工程、船舶與海洋工程、電氣工程），17個一級學科碩士學位授權點，13個專業學位授權類別，52個本科專業。擁有21個省部級重點研究基地。現有1個國家重點（培育）學科，1個上海市高峰學科，2個上海市高原學科，9個部市級重點學科，工程學、計算機科學、社會科學總論、材料科學和環境科學與生態學5個學科進入ESI全球前1%，港航物流學科保持全球領先。5個國家級特色專業，1個國家級綜合改革試點專業，15個國家級一流本科專業建設點，6個教育部卓越工程師教育培養計劃專業，17個上海市本科教育高地。現有2個國家級實驗教學示范中心，2個國家級虛擬仿真實驗教學示范中心，5個國家級工程實踐教育中心，1個全國示范性工程專業學位研究生聯合培養基地。1個國家級職業教育“雙師型”教師培訓基地（水上運輸類）。1個國家級涉外法治人才協同培養創新基地（培育）。設有水上訓練中心，擁有4.8萬噸散貨教學實習船“育明”輪。