云南大學始建于1922年，1923年正式開學，時為私立東陸大學，1934年更名為省立云南大學，1938年改為國立云南大學，是我國西部邊疆最早建立的綜合性大學之一。1937年，著名數學家、教育家熊慶來出任校長，一大批著名學者受聘到校任教，奠定了學校較高的發展基礎和深厚的學術底蘊，開創了云大辦學歷史上的第一個輝煌時期。20世紀40年代，云南大學已發展成為一所包括文、法、理、工、農、醫等學科在內，規模較大，在國際上有影響的中國著名大學之一。1946年，《不列顛百科全書》將云南大學列為中國15所在世界最具影響的大學之一。

五十年代院系調整，部屬云南大學一些重要而有特色的系科，如航空、土木、法律、鐵道等劃出并入當時的北京航空學院、四川大學、西南政法學院、長沙鐵道學院等高校；工、醫、農等先后獨立建校，并逐步發展為今天的昆明理工大學、昆明醫科大學、云南農業大學、西南林業大學等高校。1978年，云南大學被國務院確定為全國88所重點大學之一。

改革開放后，云南大學獲得了長足的進步。1996年首批列入國家“211工程”重點建設大學，2001年列入西部大開發重點建設院校，2004年成為教育部和云南省人民政府重點共建高校，2006年本科教學工作水平評估共19項二級指標全部評定為A，被教育部評為本科教學優秀學校，2012年成為國家“中西部高校基礎能力建設工程”和“中西部高校綜合實力提升工程”實施院校，2017年成為國家首批42所“一流大學”建設高校之一，2018年躋身中西部14所“以部為主、部省合建”高校行列，2022年，繼續入選第二輪國家“雙一流”建設高校。