南京財經大學始建于1956年的糧食部南京糧食學校，是新中國自己創辦的第一批糧食院校之一。1981年，南京糧食經濟學院在原南京糧食學校的基礎上建立。1993年，學校更名為南京經濟學院。1999年，南京物資學校并入南京經濟學院。2000年，南京經濟學院、江蘇財經高等專科學校、江蘇經濟管理干部學院三校合并，組建成新的南京經濟學院。2003年，經教育部批準，學校正式更名為南京財經大學。2011年，江蘇省人民政府與國家糧食局簽約共建南京財經大學。2012年，學校獲批服務國家特殊需求博士人才培養項目。2019年，國家糧食和物資儲備局與江蘇省人民政府簽署戰略合作協議，全力支持學校事業發展。2021年，學校獲批江蘇高水平大學建設高峰計劃B類建設高校。2022年8月，經國務院學位委員會批準，學校正式成為博士學位授予單位。

南京財經大學現已成為一所以經濟管理類學科為主，經濟學、管理學、法學、工學、理學、文學、藝術學等多學科支撐配套、協調發展的江蘇高水平大學。歷經多年改革發展，學校知名度迅速擴大，教育質量不斷提高，綜合實力明顯增強，社會聲譽全面提升，各項事業邁上了新的臺階，顯現出發展的強勁勢頭和改革的嶄新氣象。

學校擁有仙林、福建路和橋頭3個校區，占地面積120.7萬平方米，總建筑面積71.36萬平方米。設有教學機構23個。現有普通本科在校學生17000余人，在校博士、碩士研究生4300余人。